W latach 1882/83 r. został rektorem Uniwersytetu Jagiellońskiego i postarał się o budowę nowej siedziby uczelni, która do dziś jest głównym budynkiem UJ – Collegium Novum - profesora historii kościelnej i prawa kanonicznego Uniwersytetu Jagiellońskiego, Świętego Józefa Sebastiana Pelczara wspominamy 19 stycznia.
W żadnym czasie nie brakło umysłów swawolnych i dumnych, które przekręcały prawdę objawioną. Wiek dziewiętnasty odziedziczył błędy wieków poprzednich. Chcą zburzyć nie tylko religię i moralność, ale także państwo, wraz z rodziną i całym ustrojem społecznym, aby na gruzach dzisiejszego porządku wznieść świat nowy bez religii, bez prawa, bez małżeństwa, bez własności.
Inni walczą z religią do upadłego, ale też dochodzą do tego stopnia zaślepienia, że policzkują zdrowy rozum i rzucają w świat zdania zarówno niedorzeczne jak potworne, jak n. p., że Bóg jest złem, że człowiek jest zwierzęciem, że własność jest kradzieżą, że cnota i występek jest czczą nazwą, że cały porządek moralny jest urojeniem; a tak sprawdza się na nich słowoGoethego: „Niedowiarstwo jest własnością ludzi niedołężnych, nisko myślących, wstecznych, na siebie ograniczonych“.
Świadom niebezpieczeństw, grożących także uczniom Uniwersytetu Jagiellońskiego, uznałem za obowiązek swój jednych ostrzec, drugich umocnić w wierze, i w tym celu wystąpiłem z szeregiem konferencji apologetycznych… by się dowiedzieć, co też religia katolicka może przytoczyć na swoją obronę; bo wszakże, wedle słów Tertuliana, ona przede wszystkiem tego pragnie, by nie była potępioną bez sądu. Hoc unum gestit, ne ignorata damnetur.
Socjalizm, najgorszy płód rewolucji, który zamiast na drodze legalnej dźwigać niższe warstwy, chce obalić cały porządek społeczny, mianowicie władzę i własność; ponieważ zaś religia broni tego porządku, przeto socjalizm wypowiada jej walkę na zabój i odbiera proletariatowi wiarę w Boga.
Inni, zwłaszcza z obozu materialistów, odrzucają moralność indywidualną i odmawiają człowiekowi wolnej woli; natomiast przez wzgląd na dobro ogółu przyjmują jakąś moralność państwową, określoną ustawami policyjnymi. Ale znowu smutne złudzenie! Bo cóż to za moralność, którą opiekuje się sama policja, a która niczego się nie lęka, prócz więzienia- pisał w materiałach konferencyjnych w 1884 roku w Krakowie ks. Prof. Józef Sebastian Pelczar.
Minęło 150 lat i w 2026 roku jesteśmy świadkami absurdalnych działań zarówno rządu, które odmawiają człowiekowi wolnej woli; natomiast przez wzgląd na dobro ogółu przyjmują jakąś moralność państwową, określoną ustawami policyjnymi, jak i wypowiedzi, które policzkują zdrowy rozum i rzucają w świat zdania zarówno niedorzeczne jak potworne.
Zwłaszcza kompromitujące pod względem merytorycznym i obsceniczne pod względem językowym, są wypowiedzi pracowników instytucji naukowych (trudno więc nazwać je uniwersytetami). Groźne dla bezpieczeństwa państwa i narodu są wypowiedzi członków rządu, zwłaszcza pań, które policzkują zdrowy rozum i rzucają w świat zdania zarówno niedorzeczne jak potworne.
Kapłanów, wiernych swojemu powołaniu, starają się przedstawić jako szerzycieli ciemnoty i zabobonu, to znowu jako wrogów ludzkości i ojczyzny, a zwłaszcza demokracyi i republiki, albo jako ostatnie wyrzutki społeczeństwa, by na nich ściągnąć nienawiść motłochu, który już nieraz w napadzie wściekłości burzył kościoły i mordował sługi ołtarza.
Co gorsza, są chrześcijanie, którzy sądzą, że obojętną jest rzeczą, jaką ktoś wyznaje religię, byle tylko żył uczciwie, a to dlatego, że wszystkie religie są tylko różnymi formami jednego uczucia. Lecz któż nie widzi, jak bezbożnem i niedorzecznem jest to zdanie; bo wszakże z niego wypływa, że Bóg jest obojętny względem prawdy i fałszu i stawia na równi chrześcijanina, wielbiącego Go w duchu i prawdzie, z murzynem zabijającym ludzi na ofiarę, co uwłacza świętości Boga; powtóre, że wszystkie religie są prawdziwe, mimo że jedna wyklucza drugą, co sprzeciwia się rozumowi; po trzecie, że Bóg żadnej religii nie objawił, albo że religia objawiona nie ma żadnych świadectw za sobą, czemu kłam zadaje historya. ( ks. Józef Pelczar, Konferencje apologetyczne o przyczynach niedowiarstwa w naszych czasach i o potrzebie religii, Kraków 1884 r.)
Obserwujemy to wśród hierarchów Kościoła również w Polsce. 17 stycznia odbywa się po raz 29 Dzień Judaizmu w Kościele katolickim w Polsce. Kard. Grzegorz Ryś przekonuje, żę powinny odbywać się nie tylko w każdej diecezji, ale w „każdej polskiej parafii”. Obserwujemy te same metody działania, tej samej proweniencji funkcjonariuszy rewolucji, w 2026 roku Kapłanów, wiernych swojemu powołaniu, starają się przedstawić jako szerzycieli ciemnoty i zabobonu by na nich ściągnąć nienawiść motłochu, który już nieraz w napadzie wściekłości burzył kościoły i mordował sługi ołtarza.
Jeszcze tkwią w pamięci wszystkich haniebne oszczerstwa, rzucone na Braci szkolnych w Lille (1889), albo na Salezyanów w Varazze (1907), czy też bezprawia popełnione niedawno we Francyi, a świeżo w Barcelonie (1909), i w Lizbonie (1910), w których masonom pomagają wolnomyślni, żydzi, socyaliści i anarchiści. Od powstania Talmudu Biblja przestała być księgą serca żydów, a Talmud stał się najważniejszem źródłem życia umysłowego żydów, poza życiem obrzędowem prawie jedyną krynicą ich wzruszeń społecznych.
Do krynicy tej należy zdobycie i podporządkowanie jedynemu słusznemu „etnicznie” narodowi wszystkich pozostałych „gojów” - Św. Józef Sebastian Pelczar w 1884 roku mówił o niszczeniu Kościoła.